Como uno de los resultados del programa Grupo EPM Sin Fronteras, que se adelanta para llevar a la práctica el direccionamiento estratégico de la organización, en noviembre de 2013 empezó a operar una nueva estructura administrativa que en su primer nivel está conformada por la Junta Directiva, la Gerencia General y las siguientes vicepresidencias:
Vicepresidencias ejecutivas: Gestión de Negocios, Proyectos e Ingeniería, Estrategia y Crecimiento, y Finanzas Corporativas y Gestión de Inversiones
Vicepresidencias de negocio: Generación de Energía, Transmisión y Distribución Energía, Gas, Agua y Saneamiento, Comercial, Proyectos Generación Energía, Estrategia Corporativa y Crecimiento.
Vicepresidencias de soporte: Finanzas Corporativas, Desarrollo Humano y Capacidades Organizacionales, Suministros y Servicios Compartidos, Comunicación y Relaciones Corporativas, Secretaría General y Auditoría Corporativa.
